Верно: в городе Уфе.
В значении приветствия - "Доброе утро!".
Существительное уха можно определить как слово singularia tantum, т. е. такое, у которого множественное число почти никогда не употребляется и существует лишь в качестве потенциальных форм.
Предпочтителен первый вариант.
Рекомендуемый вариант: на реке Пра (хотя на реке Оке). Поскольку наименование не относится к числу широкоизвестных, из сочетания на реке Пре нелегко вывести его начальную форму.
Предпочтительно согласование в среднем роде (ars - искусство).
Ударение падает на окончание: с самого утра́. Существительное утро имеет неподвижное ударение на корне: у́тро, у́тра, у́тру и т. д. Однако в устойчивых предложно-падежных сочетаниях наречного характера ударение перемещается на окончание: с утра́, до утра́, к утру́, по утра́м. Так же при обозначении времени: в пять утра́. Ср. примеры, которые приводит Н. А. Еськова: Провозились до утра́. — Какое ему дело до у́тра?; С утра́ был в полной готовности. — Проследим весь этот день по минутам, начнем с у́тра; К утру́ дождь перестал. — К у́тру у него особое отношение.
Корректно слитное написание, т. к. слово можно заменить синонимом без не (трудно, тяжело). Впрочем, если автору важно подчеркнуть отрицание, он вправе написать раздельно.
Запятые не требуются.
