Запятая не нужна, т. к. приложения директор и доктор наук неоднородные: директор – должность, доктор наук – ученая степень.
В соответствии с требованиями к оформлению научных работ такая конструкция может быть оформлена как со знаком препинания (двоеточием), так и без него.
Запятая в предложении не нужна, внутри вставного предложения можно поставить тире, так как оно неполное: Игорь Иванович (далее — доктор) осмотрел больного.
Запятая не требуется.
В книжно-письменных стилях верно: Сам автор назвал книгу виртуальным музеем. Можно использовать форму женского рода, если она является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Сама автор назвала книгу виртуальным музеем.
Такая пунктуация возможна.
Правильно: лицом (какИм), проводившИм.
