Корректно раздельное написание.
Запятая нужна.
Имеется в виду режим работы этого пункта или что-то другое?
Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.
Постановка запятой перед когда необязательна.
Запятая не ставится.
Правильно: нарекание в чем, претензии на что. 3. См. в Словаре трудностей.
Запятая после звонков не требуется. Также не вполне ясно, что означают слова в разрезе звонков. Возможно, предложение лучше перестроить.
Поскольку подлежащее (проведение) имеет форму единственного числа, то и именная часть сказуемого (является задачей), по логике, должна быть представлена существительным в единственном числе. Верно: Задачей настоящей проверки является проведение федерального государственного надзора, лицензионного контроля.
