Первое предложение бессоюзное. В бессоюзных предложениях между частями ставится тире, если в первой части предложения есть указание на время или условие совершения действия, обозначенного во второй части.
Второе предложение сложноподчиненное с придаточным условным. В этом случае по основному правилу между частями предложения ставится запятая. Если придаточная часть предшествует главной, постановка тире между частями также допустима.
Это союзы-синонимы. Они употребляются в сложноподчиненных предложениях и присоединяют придаточную часть, в которой содержится причина, обоснование или предпосылка того, о чем говорится в главной части.
Верно: Наверное, из-за того, что у них полно проблем.
Союз в случае если при присоединении придаточной части к главной может расчленяться и не расчленяться. Об этом подробно написано в «Справочнике по пунктуации». В правилах не описывается ситуация, при которой придаточная часть с составным союзом заключается в скобки. На наш взгляд, расчленение союза в этом случае нежелательно, так как заключенная в скобки часть должна читаться с особой интонацией вставной конструкции – с понижением тона и в более быстром темпе. Запятая между частями союза требует паузы при чтении и постановки логического ударения на первой части союза. Совмещать эти интонационные рисунки сложно и не нужно.
Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.
В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте.
В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.
1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.: В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.
2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.
Знаки препинания расставлены верно. Правило таково: если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится).
Название Главная гряда Крымских гор пишется с большой буквы, в Вашем примере также корректно написание с большой буквы.
Конструкция которые указаны в акте осмотра является придаточной частью сложного предложения. Придаточная часть, которая находится внутри главной, обособляется, то есть выделяется запятыми с двух сторон.
Придаточная часть сложного предложения, состоящая из одного союза или союзного слова, не отделяется от главной знаками препинания.
Запятые ставятся.
Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если придаточная часть состоит из одного союзного слова (относительного местоимения или наречия). В Ваших примерах придаточная состоит из двух слов.