Выбор формы единственного или множественного числа существительного зависит от того, какое количество задолженностей описывается: если у каждой компании по одной задолженности (или она для них общая), то верен первый вариант; при наличии нескольких задолженностей выбрать нужно второй вариант.
Правильно: согласно разделу и приложению. Если слово Договор с большой буквы (как условное обозначение), то слова "указанного выше" не нужны.
Если номер пункта стоит в середине предложения, точка после него не нужна: В пунктах 1.1.1, 1.1.2 настоящего раздела. В пункте 1.1.1 «Выдача средств...».
Такое написание возможно, но опять же – в деловых и научных текстах.
Верен второй вариант.
Корректно: Поддерживается версия протоколов 1 и 2.
В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.
См. учебник Е. И. Литневской, раздел "Склонение существительных".
