Предпочтителен первый вариант.
По усмотрению автора текста эти определения могут считаться однородными.
Правильно: в городе Самаре.
Правильно: в городе Самаре, в город Самару. Подробнее см. в «Письмовнике».
Логика та же, корректно писать без кавычек.