Корректно: файлы сохраняются (где?) в папке.
Правило можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».
Он есть на нашем портале, в рубрике "Проверка слова". Форма проверки слова расположена в том числе на главной странице Грамоты.Ру.
В рубрике "Проверка слова" на нашем портале Вы найдете такой словарь.
Самый удобный способ - воспользоваться толковым словарем.
См., например, www.rusgram.narod.ru или www.slovari.ru.
Верен первый вариант.