Запятая нужна.
Этимологически имена Никита и Николай, действительно, родственные: Никита – от греческого никетас 'победитель', Николай – от греческого Николаос от никао 'побеждать' и лаос 'народ' – другими словами, оба имени восходят в конечном итоге к одному и тому же греческому корню нике 'победа', никао 'побеждать'. Однако в современном русском языке Никита и Николай – два совершенно разных имени, а Никитич и Николаевич – соответственно разные отчества, называть Никитича Николаевичем (и наоборот) нельзя. Что касается замены отчества – она возможна только в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (любое лицо, достигшее 14-летнего возраста, вправе переменить фамилию, имя и / или отчество, обратившись в органы записи актов гражданского состояния).
Запятые не нужны.
Следует писать слитно. Верен второй вариант.
Правильно склонять (как в первом варианте). Подробнее см. в «Письмовнике».
Лучше написать: Уважаемые Николай Иванович и Петр Борисович!
Запятая не ставится.
Да, мужскую фамилию нужно склонять.
Обращение типа Уважаемый Николай возможно. Консультант нашего портала О. И. Северская объясняет это тем, что сейчас все реже употребляется отчество, а вежливой формой обращения стало обращение по «паспортному» имени.