Чтобы понять это, нужно убрать оборот из предложения. Если структура и (или) смысл предложения после этого разрушится, то связь тесная.

Корректно: Вскоре всё необходимое было приготовлено(,) и работа закипела (запятая факультативна и зависит от того, как пишущий представляет себе ситуацию: и необходимое было приготовлено, и работа закипела вскоре (тогда запятая не нужна) или необходимое было приготовлено вскоре, а работа закипела после этого (тогда запятая нужна); Выполнить задачу было непросто по причине отсутствия опыта, вдобавок дул холодный ветер и шёл дождь. 

После слова лезть наиболее уместно двоеточие: вторая часть бессоюзного сложного предложения (которая начинается после этого слова) имеет значение причины, обоснования.

В сочетании а значит союз и вводное слово образуют единство. В таких случаях между союзом и вводным словом запятая не ставится, а после вводного слова ставится, то есть сочетание выделяется с обеих сторон запятыми (см. параграф 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Вместе с тем в практике письма, как Вы верно заметили, частотна постановка тире вместо запятой после этого сочетания. По наблюдениям исследователей, такое происходит не только с сочетанием а значит, но и с множеством других вводных конструкций. В этом случае постановку тире вместо запятой нет оснований считать ошибкой: никакие принципы русской пунктуации здесь не нарушаются. При этом постановка двух знаков сразу — и запятой, и тире — явно избыточна.

Это изъяснительное придаточное предложение, и его нужно выделить запятыми. В «Русской грамматике» 1980 г. указано, что союз или при выражении изъяснительных отношений принадлежит к числу «союзных средств, относящихся к сфере вопроса».

Да, влияет. Слово следующие указывает на то, что далее последует список или перечень чего-либо, поэтому после этого слова ставится двоеточие, чтобы отделить его от последующего списка. При отсутствии слова следующие двоеточие не обязательно.

Союз когда явно относится здесь к обеим частям, соединенным союзом и, а значит, перед нами однородные придаточные: После этого, когда рост гор продолжился и вершины набрали высоту 3-4 тыс. метров, последовало оледенение...

Знаки препинания при сочетании а так, выражающем уступительно-противительные отношения, не кодифицированы. На практике после этого сочетания чаще ставится тире, но возможны и два других указанных Вами варианта.

Знаки препинания расставлены верно. Несогласованное определение какого-то масонского толка поясняет определение этого и нуждается в обособлении.

Ваш вариант пунктуации правильный. Если важно сохранить восклицательную интонацию, то нужно разделить предложение на два: Пять минут в микроволновке — и вуаля! У вас на столе вкусный и полезный завтрак.