Оба варианта верны.
Верно: оплату труда работников. Но: выплатить зарплату работникам.
Фраза некорректна. Следует исправить: ...может возникнуть необходимость в изменении настроек...
Слово перештабелировка словарями не зафиксировано. Фразу лучше перестроить.
А что Вас смущает в этом сочетании?
В этом случае применимы рекомендации по разбору сложных предложений:
Запятые не требуются: Главному бухгалтеру Ивановой С. И. произвести списание.
Оба варианта верны.