Верно: под Воронежем.
Слово верх многозначное, омонимы словарями не фиксируются. В этом можно убедиться, воспользовавшись толковым словарем, например на нашем портале. Многозначное слово описывается в одной словарной статье, значения нумеруются внутри статьи. Омонимы описываются в разных статьях, в этом случае обычно нумеруются статьи (ср. со статьями для омонимов брак).
Возможны варианты оформления названия: корпус «Под гербом»; Корпус под гербом.
См. в Словаре трудностей.