Запятая перед направляем необязательна, но лучше ее поставить.
Форма именительного падежа мн. числа – работы, форма родительного падежа мн. числа – работ. Правильно: при выполнении (чего?) строительно-монтажных работ, порядок выполнения (чего?) работ.
Правильно: на 1999–2001 годы.
Сочетание в скобках ставится в ту же форму, что и сочетание в основной части предложения: выпускную квалификационную работу (дипломную работу). Чтобы избежать повторения слова, рекомендуется отредактировать фрагмент: выпускную квалификационную (дипломную) работу.
В таких конструкциях употребляется глагол окончить.
В значении "без работы" правильно в отсутствие работы.
Верно: было положено начало (чему?) большой работе.
Эти слова означают "перед тем, как начать работать".
Правильно беспредложное управление: финансирование ремонтных работ.