Да, это географическое название склоняется.
Все перечисленные топонимы имеют финское происхождение. В переводе с финского языка ярви — «озеро». Топонимы с частью -ярви не склоняются. При употреблении этих названий с прилагательными и глаголами в форме прошедшего времени нужно принимать во внимание родовую принадлежность опорного слова. Это может быть существительное город, как в случае с названием Суоярви (карельский Суоярви), или поселок, как в случае с названием Петяярви (излюбленный Петяярви), или иное существительное.
Тире в предложении нужно. Оно однозначно показывает, что сочетание в России входит в состав подлежащего, а не сказуемого. Без тире восприятие предложения будет затруднено. Ваше предложение можно подвести под правило: тире перед сказуемым-прилагательным ставится при логическом или интонационном членении предложения (Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 5, п. 10.1). Обратите внимание: стилистически предложение небезупречно, так как и группа подлежащего, и группа сказуемого заканчиваются сочетанием предлога в с существительным со значением места. Предложение можно перестроить: Российское озеро Байкал самое глубокое в мире.
Принцип тот же: термины типа холм, ручей, озеро, село, деревня пишутся со строчной буквы, если относятся к объектам, соответствующим их языковому значению, и пишутся с прописной, если становятся частью названия, обозначая иные, не соответствующие их значению объекты, ср.: Кузнецкий мост и улица Кузнецкий Мост, Большое озеро и деревня Большое Озеро, Красное село и город Царское Село, гора Высокая и деревня Гора Услань. Есть редкие случаи, когда термин, сохраняя свое значение, становится частью официального названия, например в России довольно много деревень, называющихся Новая Деревня. Подробнее см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях.
Если нет слова озеро, название склоняется: на берегах Иссык-Куля.
Название озера — Лох-Несс. Поэтому употреблять образованное от названия прилагательное вместе со словом озеро некорректно. Это примерно то же самое, что сказать «байкальское озеро».
Географические названия в сочетании со словом озеро обычно не склоняются. Корректно: на берегу озера Наговье.
В Красноярском крае есть озеро Кета́. Название рыбы рекомендуется произносить с ударением на первом слоге: ке́та. Однако ударение на окончании (кета́) некоторыми словарями признается допустимым.
Если сказуемое выражено прилагательным, тире обычно не ставится, но правилами оно допускается для логического и интонационного членения фразы. Вот примеры, которые приводит Д. Э. Розенталь: Зрачки — кошачьи, длинные; Высота возле разбросанных домиков хутора — командная.
Верно: Я был на озере Байкал. Названия озер не склоняются в сочетании с родовым словом озеро. Исключение составляют случаи, когда топоним выражен прилагательным: на Онежском озере.
