Плод - это имя существительное; это слово можно просклонять, но не проспрягать. Чтобы узнать формы косвенных падежей этого слова, воспользуйтесь электронными словарями, размещенными на нашем портале.
Беспредложный вариант (орган сертификации) лучше.
Словосочетание орган по сертификации пишется со строчной буквы, так как оно не является названием конкретного учреждения или организации.
Корректно: код гиасса.
Перед приложением может стоять тире (соисполнитель — федеральный орган исполнительной власти) или запятая в зависимости от строя предложения.
Запятые не нужны, верно: Министерство как уполномоченный орган исполнительной власти сообщает следующее... Оборот с союзом как не выделяется, если передает значение 'в качестве' (= Министерство в качестве уполномоченного органа исполнительной власти сообщает следующее...).
Верно: код банковской карты. Предлог может использоваться при определенном строе предложения.
Если речь идёт о живом существе, то Я вижу клона.
Если имеется в виду неодушевлённый предмет (например, сайт-клон или приложение-клон), тогда Я вижу клон.