Беспредложный вариант (орган сертификации) лучше.
Словосочетание орган по сертификации пишется со строчной буквы, так как оно не является названием конкретного учреждения или организации.
Плод - это имя существительное; это слово можно просклонять, но не проспрягать. Чтобы узнать формы косвенных падежей этого слова, воспользуйтесь электронными словарями, размещенными на нашем портале.
Корректно: код гиасса.
Перед приложением может стоять тире (соисполнитель — федеральный орган исполнительной власти) или запятая в зависимости от строя предложения.
Запятые не нужны, верно: Министерство как уполномоченный орган исполнительной власти сообщает следующее... Оборот с союзом как не выделяется, если передает значение 'в качестве' (= Министерство в качестве уполномоченного органа исполнительной власти сообщает следующее...).
Верно: код банковской карты. Предлог может использоваться при определенном строе предложения.
Если речь идёт о живом существе, то Я вижу клона.
Если имеется в виду неодушевлённый предмет (например, сайт-клон или приложение-клон), тогда Я вижу клон.