Если на -я не падает ударение, правильно в дательном падеже: Милии. Правила не менялись.
Корректно: старый(,) добрый фильм.
Мужской вариант склоняется: Филей, Филея, Филею и т. д.
Достаточно одного многоточия. После слов автора можно поставить запятую, так как прямая речь представляет собой одну фразу, разделенную паузой, действием говорящего: «Завтра в полдень у Новореченской вас будет ждать... — Егор на секунду умолк и поднял на меня глаза, — Филипп».
Корректно: в Костроме, в городе Костроме.
Орфографически верно: двух с половиной часовой.
Нормам правописания соответствует второй вариант.