Мало того что – составной подчинительный союз. Запятая внутри союза ставится при его интонационном распадении на две части.
Такова практика делопроизводства. Надо сказать, что в ряде своих рекомендаций Д. Э. Розенталь также ориентировался не на действующие правила, а на практику письма.