Латиница сама по себе служит достаточно сильным средством выделения, поэтому кавычки не требуются.
Эти слова различаются по значению: топ-сайты – это сайты, лучшие по какому-то признаку (занимающие первые строчки в рейтинге), а топ сайтов – сам рейтинг, список лучших сайтов.