«Большой академический словарь русского языка» фиксирует варианты на втором и третьем слоге как равноправные. Однако в современных орфоэпических словарях слова маркированный и маркированный представлены как слова с разными значениями. Маркированный – от слова маркировать 'ставить клеймо, марку' или 'проводить борозды для посадки': маркированные товары, маркированные товарным знаком. Маркированный – это лингвистический термин: стилистически маркированный.

Часто вызывает затруднения сочетание маркированный перечень (список). В нем прилагательное использовано в значении 'отмеченный какими-то знаками', что довольно близко к значению 'ставить клеймо, марку', однако в этом сочетании прилагательное можно отнести и к лингвистическим терминам. Поэтому будет правильным, в соответствии с рекомендациями «Большого академического словаря русского языка», допустить два варианта: маркированный перечень (список) и маркированный перечень (список).

Одно из значений слова наложить — "положить в каком-либо количестве": наложить дров в печку, наложить книг на стол, наложить тарелку каши. Это значение зафиксировано в словарях. Поэтому предложение Наложи в тарелку пирог полностью корректно.

Кавычки не нужны.

С прописной буквы пишется имя прилагательное на -ский, являющееся первым словом составного наименования — имени собственного, в том числе имеющего значение «имени того-то», «памяти того-то», напр.: Московская фортунатовская школа, Московско-тартуская семиотическая школа, Пражский лингвистический кружок.

В школе термин полилог активно не используется, а диалогом называют "вопросно-ответную форму речи, при которой происходит обмен высказываниями (репликами) между говорящими" (Лемов А. В. Школьный лингвистический словарь. М., 2006). Термин полилог в словаре Лемова отсутствует. Энциклопедический словарь-справочник "Культура русской речи" (М., 2003) определяет эти термины таким образом: диалог – текст, создаваемый двумя партнерами коммуникации...", полилог "чаще всего указывает в современных лингвистических (и не только в лингвистических) работах, что в создании текста участвуют на относительно равных основаниях более чем два партнера коммуникации, в то время как диалог создается только двумя говорящими".

Таким образом, слово диалог может употребляться в широком значении (разговор между двумя или несколькими лицами) и в узком (разговор между двумя собеседниками). Второе значение актуализируется, когда важно противопоставить два вида коммуникации – между двумя говорящими и более чем двумя. 

Думаем, что Вам требуется юридический, а не лингвистический комментарий.

С точки зрения лингвистической глагол уничтожить может использоваться и без указания на действующее лицо: коррозия уничтожила маркировку кузова. Так что процитированный Вами отрывок регламента нельзя понять однозначно.

Этот лингвистический спор пока что толком не разрешен. Да и нужно ли?

Совсем плох третий вариант с двумя знаками в конце предложения. В остальном - вопрос не орфографический, не лингвистический. Скорее, вопрос типографской эстетики. Как лучше, Вы знаете: немецкие "лапки", конечно, отличный вариант для верстки, но есть ли "руки", чтобы их последовательно проставлять?

Местоимения Вы, Ваш пишутся с прописной буквы только в следующих случаях: а) как форма выражения вежливости при обращении к одному лицу в личных письмах и официальных документах (служебных записках, заявлениях и др.); б) в текстах, предназначенных для многократного использования: анкеты, листовки и др. (адресат – неконкретное лицо). С прописной буквы пишется местоимение Ваш в сочетаниях Ваше Величество, Ваше Высочество.

Выделение запятыми местоимения Вы во фразах, начинающихся словами Прошу Вас... (предоставить отпуск, рассмотреть вопрос и т. д.), – частая пунктуационная ошибка. Причина вот в чём. Носители языка смешивают два правила, в которых встречается слово обращение. Первое правило приведено выше («местоимение Вы пишется прописной буквы при обращении к одному лицу...»). Второе правило, которое помнят со школы: «обращение выделяется запятыми». Подвох в том, что слово обращение употребляется в этих правилах в разных значениях. В первом случае значение данного существительного – действие по глаголу обратиться – обращаться; во втором случае обращение – лингвистический термин (слово или словосочетание, называющее лицо или предмет, к которому обращена речь). Подробную инструкцию по борьбе с этой ошибкой см. в ответе на вопрос № 249535.

Уважаемый Владимир, вы затронули очень важный вопрос. Действительно, русская лингвистическая традиция прескриптивна - она в большей степени обращается к понятиям "правильно" или "неправильно", чем западная лингвистика. Но даже в западной лингвистике стилистические проблемы не сводятся лишь к этике. 

Грамота.Ру отвечает на разные вопросы - и прескриптивного, и дескриптивного характера. Наше взаимодействие с читателями сайта складывается так, что вопросы в основном задают люди, интересующиеся практической грамотностью (редакторы, корректоры, журналисты - все, кто готовит к публикации письменный текст). Поэтому среди вопросов значительная часть - типа "Как правильно?", а не "Почему так?".

Мы рады дать и прескриптивные ответы (разумеется, опираясь на нормативную литературу, словари и справочники), и дескриптивные. Второе сложнее, так как это требует серьезной "полевой" работы  и уместно больше тогда, когда преследуются цели научного описания языка. Жанр "справки", в котором мы работаем, определяется пользовательскими вопросами и наиболее короткими "дорожками" между спрашивающими и ответами, которые находятся в справочной литературе.