«Большой академический словарь русского языка» фиксирует варианты на втором и третьем слоге как равноправные. Однако в современных орфоэпических словарях слова маркированный и маркированный представлены как слова с разными значениями. Маркированный – от слова маркировать 'ставить клеймо, марку' или 'проводить борозды для посадки': маркированные товары, маркированные товарным знаком. Маркированный – это лингвистический термин: стилистически маркированный.

Часто вызывает затруднения сочетание маркированный перечень (список). В нем прилагательное использовано в значении 'отмеченный какими-то знаками', что довольно близко к значению 'ставить клеймо, марку', однако в этом сочетании прилагательное можно отнести и к лингвистическим терминам. Поэтому будет правильным, в соответствии с рекомендациями «Большого академического словаря русского языка», допустить два варианта: маркированный перечень (список) и маркированный перечень (список).