Если речь идет именно о дереве, то уместно использование слова кофе как существительного среднего рода: кофе дало щедрый урожай. Хотя, конечно, такое использование слова не является широкоупотребительным; более того, это значение не отмечается толковыми словарями русского языка.

Нет, наречное выражение во что бы то ни стало не выделяется знаками препинания.

Вопрос сложный. Сочетание то что надо не зафиксировано в словарях фразеологизмов, в том числе в «Тезаурусе русских идиом» под ред. А. Н. Баранова и Д. О. Добровольского (М., 2018). В этом словаре, как и в «Большом толковом словаре», содержится лишь устойчивое сочетание что надо. При этом сочетание то что надо (нужно) явно находится в процессе фразеологизации. Таким образом, есть основания не ставить запятую в сочетании то что надо в значении 'лучший' (а в Ваших примерах оно действительно имеет такое значение), но есть и основания для её постановки. 

Внутри сочетания не то что запятая не ставится. Корректно: Вот раньше манеры были не то что сейчас! (если после были предполагается пауза, то высказывание нужно разделить на два: Вот раньше манеры были! Не то что сейчас!); Он на пятерки учится, не то что ты!

Если в сложноподчиненном предложении придаточная часть усечена до одного союзного слова, то запятая между ней и главной частью не ставится: Я рекомендую думать не о том, что конкретно вы должны делать, а о том почему.

Прямая речь здесь не требуется: Когда речь заходит о комплексном укреплении здоровья, то первая мысль, которая нас посещает, — отправиться на санаторно-курортное лечение.