Ваш вопрос слишком объемный, чтобы ответить на него в режиме «Справочного бюро». Пожалуйста, воспользуйтесь справочниками (например, Д. Э. Розенталя или В. В. Лопатина).
Это очень объёмный вопрос, обратитесь к учебнику С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».
Сам по себе союз как не требует постановки запятой. Запятыми выделяются сравнительные обороты с этим союзом и придаточные части сложного предложения. Запятые не ставятся, если сравнительный оборот входит в состав сказуемого, если сравнительный оборот представляет собой фразеологизм, а также в некоторых других случаях (эти случаи перечислены во всех справочниках по правописанию).
Запятая нужна.
Слова таким образом выступают в роли вводных и обособляются в знач. «следовательно», «итак». Обособление не требуется, если слова таким образом можно заменить на «так», «таким способом». Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
Оба варианта корректны.
