Лучше второй вариант: инженер сетей...
Правильно: он окончил институт по специальности «инженер».
В конструкциях с составными числительными, оканчивающимися на два, три, четыре, винительный падеж сохраняет форму именительного независимо от категории одушевленности. Литературная норма: наша бригада включала девяносто два инженера. Вариант включала девяносто двух инженеров – разговорный.
В этом предложении нужно тире в соответствии с правилом о постановке тире между подлежащим и сказуемым-существительным. Впрочем, если в письменной речи отражено произношение с логическим ударением на сказуемом, тире может не ставиться. См. параграф 10 (с примечанием) полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
В зависимости от общего смысла высказывания возможны варианты: Брат-инженер работает; Брат, инженер, работает; Брат (инженер) работает.
В первой фразе знаки препинания не нужны. Вторую желательно перестроить: в заседании комиссии примет участие главный инженер ОАО «Ромашка» Иванов Иван Иванович.
Все названия должностей здесь пишутся с маленькой буквы. Поскольку это начало абзаца, с большой буквы следует писать только первое слово: Главный инженер — первый заместитель генерального директора.
В данном случае лучше: Обязанностями ведущего инженера являются: выполнение работ таких-то...
Запятая не ставится.
Поскольку причастный оборот стоит после определения-прилагательного профессиональные и перед определяемым словом инженеры, между определениями нужна запятая (см. параграф 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Профессиональные, сертифицированные производителем инженеры помогут смонтировать новое оборудование.