Ваше предположение верно. Запятая в указанной позиции нужна, чтобы закрыть придаточную часть внутри главной.

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Сочетание как обычно тесно связано со сказуемым в тех случаях, когда оно образует смысловой центр предложения, то есть на него падает логическое ударение и без него предложение не имеет смысла: День прошел как обычно; Он выступил как обычно. Сравним случаи, когда сочетание как обычно является вводным: День прошел, как обычно, в заботах; Он выступил, как обычно, зажигательно.

Трудно что-либо сказать о выборе знака препинания здесь, так как смысл предложения в целом неясен, неясны и логические отношения между его частями. 

Допустимы оба варианта: Я всегда хожу накрашенная и Я всегда хожу накрашенной. 
См. ходить в «Большом универсальном словаре русского языка»:

13.0. Находиться, пребывать в каком-л. состоянии, положении и т. п. Син. бегать.

Ходить в каком-л. виде (в каком-л. состоянии, в каком-л. настроении …). Кто-л. ходит раздетым / раздетый (голым / голый, босым / босой, голодным / голодный, весёлым / весёлый, грустным / грустный, пьяным / пьяный, довольным / довольный, подавленным / подавленный, беременной / беременная, убитый горем …)

В предложениях Я хожу ненакрашенная и Я хожу ненакрашенной Вы верно написали не с причастием. Если в предложении нет противопоставления (Пришла не накрашенная, а умытая) и у причастия нет зависимых слов (Из-за не накрашенной до конца актрисы съёмки отложили), не с причастием пишется слитно.

Судя по всему, выбрать следует один из двух вариантов: пособие будет выплачиваться... и выплата пособия будет производиться... 

«Суждения его тверды и основательны. В голосе — убежденность. Такой ничего не станет решать абы как, выверит все «за» и «против». Но уже потом его не собьешь, будет отстаивать свое мнение до конца». Это фрагмент из публицистического очерка, написанного в 80-е годы ХХ века. Выражения отстаивать свое мнение, доводить дело до конца — типичные примеры языка советской эпохи.

Спасибо за внимательность и за то, что указали на ошибку! 

В данном случае корректно: непротиворечивость документов национальной системы стандартизации, сводов правил, отсутствие в них дублирующих положений.

Запятая перед тире не нужна.