Такая пунктуация возможна.
Судя по всему, в предложении пропущена грамматическая основа. На ее месте ставится тире, перед которым нужно закрыть причастный оборот: Во время, отмеченное в дневнике как «усталость, дискомфорт», — без особенностей по сравнению с другими участками записи.
Разумеется, правильно: едем в музей (ехать – глагол первого спряжения). Едим – форма глагола есть (принимать пищу), например: едим кашу. Ошибка, надо признать, грубейшая.
Значение слова пара «отрицательная оценка знаний, успеваемости в пятибалльной системе, обозначаемая цифрой 2» закреплено в словарях, оно не является новым или необычным. Но в этом значении слово пара разговорное, с оттенком жаргонности. Поэтому кавычки могут быть уместны в том случае, если слово это используется в более строгой речи (чтобы подчеркнуть разговорную окраску). В иных случаях кавычки не нужны.
Корректно: А за что – не говорит.
Ошибки нет, ставить тире не обязательно.
В этом предложении не нужно ставить запятую.