Эти слова пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово «грамма», означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа «граммата» – то есть «буквы». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло в русский язык намного позже, в XVIII веке, из латинского. Оно тоже, конечно же, восходит к греческому «граммата», только в латинском языке сохранились две буквы «м».
Корректен первый вариант (с именительным падежом в перечислении).
Категория одушевленности - это грамматическая категория. Однако одушевленность (как вариант склонения) определяется с учетом семантики (значения) слова. В случае со словами молодежь, детвора и студенчество отнесение их к числу одушевленных или неодушевленных лишено смысла (такое отнесение ни на что не влияет).
Верно: отсчет чего (в данном случае - отсчет дней войны).
Допустимо не склонять, имея в виду приведенный Вами аргумент.
Архибестия — слово с приставкой архи-, приставка называет высшую степень того, что названо мотивирующим словом.
Архиепископ — слово с приставкой архи-, церковная лексика. Приставка вносит значение старшинства в звании. Подробнее о приставке архи- см. "Русская грамматика", 1980, I, § 469.
Неофашизм — сложное слово, нео- — связанный корень интернационального характера. Соединительной гласной нет.
Псевдоисторический — сложное слово, псевдо- — связанный корень интернационального характера. Соединительной гласной нет.
Квазиобъект — сложное слово, квази- — связанный корень интернационального характера. Соединительной гласной нет.
Киноскоп — сложное слово (словарями не зафиксировано, в СМИ встречается как название телепередачи), кино- — корень несклоняемого существительного, -скоп — связанный корень интернационального характера. Соединительной гласной нет.
Археолог — сложное слово, два связанных корня интернационального характера: архе- и лог-. Есть соединительная гласная -о-.
Аэропорт — сложное слово, аэро- — связанный корень интернационального характера. Соединительной гласной нет.
О связанных компонентах интернационального характера подробнее см. "Русская грамматика", 1980, Сложные существительные, §§ 555, 556.
Себестоимость — сложное слово, соединительная гласная -е-.
О терминах "соединительная гласная" и "интерфикс". Интерфикс — это соединительный аффикс ("Русская грамматика", 1980, I, § 56). Основным видом интерфиксов являются соединительные элементы, используемые при образовании сложных слов: -о- (сам-о-лет), -е- (пол-е-вод), -ух- (дв-ух-этажный), -ёх- (тр-ех-этажный), -и- (пят-и-этажный). Так как большинство сложных слов образовано с помощью интерфиксов -о- и -е-, именно эти аффиксы прежде всего изучаются в школе, по традиции их называют "соединительные гласные".