Корректное написание: орден Рыцарей Колумба.
Правильно: Благодаря системе глубокой очистки... Постановка запятой факультативна.
Обычно употребляется форма мн. числа: глубокие соболезнования.
Слова главным образом обычно не выделяются запятыми. Однако по воле автора обособление возможно.
Корректно: управляющий централизованной религиозной организацией "Тобольско-Тюменская Епархия Русской православной церкви".
Корректно: глубоко насыщенный, прозрачно-невесомый.
Следует писать раздельно.