Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).

Корректно: в конце XIX — XX в.

Правила передачи числительных, в частности правила выбора буквенного наращения при цифрах, приведены в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой.

Да, слово просто здесь представляет собой частицу. Между частицей и подчинительным союзом запятая не ставится: Просто чтобы не порвалась.

Корректно: ...жанр, господствовавший в литературе с 1880-х по 1920-е годы.

Вы правы: здесь возможна вариативность. Однако раздельное написание представляется нам более осмысленным.

Скорее всего, это ошибка лексической сочетаемости. Можем предположить, что имелась в виду благодарная память. Однако можно представить контексты, в которых сочетание благородная память будет вполне верным.

Возможны оба варианта, однако нужно иметь в виду, что глагол долготерпеть носит книжный характер и используется, как правило, в текстах христианской тематики, например: Вот что говорит апостол Павел: «Любовь долготерпит, милосердствует, любовь не завидует, любовь не превозносится, не гордится, не бесчинствует, не ищет своего, не раздражается, не мыслит зла, не радуется неправде, а сорадуется истине; всё покрывает, всему верит, всего надеется, всё переносит».

Какое правило Вы имеете в виду? Как правило, не пишется раздельно с относительными прилагательными, придавая отрицание выражаемому ими признаку, например: часы не золотые, мед не липовый, небо здесь не южное. Из качественных прилагательных сюда относятся прилагательные, которые обозначают цвет и которые в сочетании с не не образуют слов с противоположным значением, например: краска не синяя, переплет не желтый, оттенок не серый.

Вопрос логико-понятийный и опирается на общенаучные представления об устройстве и функционировании какой-либо системы. С учетом особенностей конкретной системы термины регуляция и координация могут соотноситься как частично пересекающиеся: регуляция предполагает координацию, но координация не подразумевает всю ту совокупность процессов или процедур, какая имеется в виду при регуляции.