Верно: 5,5 тонны; пять с половиной тонн.
Однозначных рекомендаций на этот счет в справочной литературе не содержится, а в практике письма наблюдается разнобой. По-видимому, окончательное решение следует оставить за автором или редактором текста. Принимая решение, нужно учитывать, насколько удобен будет для читателя тот или иной формат выделения, не перегружен ли текст в целом кавычками и т. д. Скорее всего, в большинстве случаев написание в кавычках будет уместным, особенно если это текст справочного характера: «5» ставится, если...; оценка «5» ставится, если... В художественном тексте, возможно, стоит предпочесть словесный вариант.
Оба варианта возможны. О факторах, влияющих на выбор формы сказуемого, см. в «Письмовнике».
Оба варианта верны.
Возможно: 5 %-ный раствор, 5 %-й раствор.
Лучше так: 40 лет и 6 месяцев или сорок с половиной лет.