Вы правы, от имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна; конечный мягкий знак при этом, как правило, опускается. Но от имени Эмиль образуется отчество Эмильевич. Такое написание отчества закреплено академическим «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. Как в свое время объяснял В. В. Лопатин, наличие этого исключения связано с тем, что в нашей истории было два великих Эмильевича — Осип Мандельштам и Всеволод Мейерхольд. Их отчество пишется с мягким знаком, и именно в таком написании благодаря им оно закрепилось в нашей культуре и в нашем языке.

Это устаревшее ударение, так говорили в XIX веке. У А. Островского в пьесе «Снегурочка» Бобыль (на просьбу Мизгиря подать меду) спрашивает: Какой тебе по нраву: Малиновый, аль вишневый, инбирный? У Лермонтова в «Тамбовской казначейше»: На кудри мягкие надета Ермолка вишневого цвета. В словаре Даля варианты вишневый и вишнёвый даны как равноправные.

В фамилии Эмин в связи с ее происхождением трудно вычленить суффикс -ин-, поэтому, на наш взгляд, ее следует склонять как заимствованную. Ср.: с Чарли Чаплином, но с Всеволодом Чаплиным.