См. в «Письмовнике»: Как склонять географические названия?
По правилам координации здесь действительно нужно тире вместо дефиса: клеточные линии — продуценты рекомбинантных белков. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Правильно: в Щёлково и в Щёлкове, но (со словом город): в городе Щёлково. Подробнее см. в «Письмовнике»: Как склонять географические названия?
Если между определениями стоит разделительный союз, существительное ставится в форме единственного числа: черного или белого цвета.
В непринужденной разговорной речи такое употребление возможно.
Строгая литературная норма: брелоков; вариант брелков, запрещавшийся ранее, сейчас признается допустимым.
Верно такое оформление: муниципальное образование «Город Балаково», депутаты Совета муниципального образования «Город Балаково».
См. в «Письмовнике».