Предпочтительно использовать кавычки разного рисунка: АО «МТЗ “Трансмаш”». Вариант АО «МТЗ «Трансмаш» допустим, если нет технической возможности использовать кавычки разного рисунка. Написание МТЗ «Трансмаш» верно.

Сравнительные обороты, начинающиеся союзом как, выделяются, если в основной части предложения есть соотносительное слово так (см. пункт б) параграфа 88 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Так же, как и в ООО, в АО акционеры не отвечают по его обязательствам.

Корректно тире с пробелами: АО «Концерн ВКО "Алмаз — Антей"».  

В рамках официально-делового стиля предложение составлено корректно.

Если имярек занимает должности в разных организациях, то это уже не двойное название должности, а перечисление должностей: заместитель генерального директора АО «Василёк», управляющий директор АО «Ромашка» И. И. Иванов. 

Корректны оба варианта, однако более распространен вариант с единственным числом: Прошу направить документы в адрес ООО «Сервис» и АО «Климат».  

Поскольку из предложения не вполне ясно, "кто на ком стоял", предлагаем изменить порядок слов: Просим вас выдать в монтаж оборудование на Здание 12 с комплектом рабочей, технической и заводской документации согласно заявке с перечнем оборудования и актом входного контроля, проведённого АО «ООО» при поступлении оборудования.

По правилам русской орфографии не допускаются слитные написания с прописной буквой в середине слова. К сожалению, при регистрации названий организаций эта норма нередко игнорируется, а потом названия приходится писать так, как они закреплены в уставных документах, даже если это противоречит правилам.

В деловом тексте постановка двоеточия допустима, но не обязательна: перечислительный ряд существительных не имеет обобщающего слова — существительного или местоимения.. 

Причастный оборот лучше максимально приблизить к определяемому слову: ...порядок организации проведения верификации и технического контроля качества печатных плат, изготовленных по внешней кооперации, в АО «Ромашка».