Современная орфографическая норма — дубнинский. Однако в прошлом слово испытывало колебания в написании: бытовали варианты дубненский, дубнинский, дубенский. При этом вариант дубненский использовался чаще других. В начале 2000-х годов Совет депутатов Дубны обратился в Институт русского языка им. В. В. Виноградова с просьбой разъяснить ситуацию с орфографическими разночтениями и получил ответ, где было сказано, что выбор написания «должен решаться с учетом традиции и практики речевого употребления». На основании этой рекомендации депутаты постановили, что в официальных городских документах и названиях следует использовать традиционное написание дубненский. Поэтому в Дубне есть Дубненская городская больница, Дубненский городской суд, Дубненский машиностроительный завод и т. п.
Возможны два варианта: Геннадьевич и Геннадиевич. Орфографически они равноправны, но в документах одного человека должен последовательно употребляться только один вариант (либо только Геннадьевич во всех документах, либо только Геннадиевич).
Такие обозначения встречаются в узкоспециализированных текстах, например отчетах о выручке и т. п.
В текстах для широкой аудитории следует писать либо число полностью, либо, например, 1 млн 690 тыс. руб.
Наталия и Наталья – это варианты одного и того же имени. С юридической точки зрения важно, чтобы во всех документах конкретного человека написание было единообразным (либо только Наталия, либо только Наталья).
Слово воображенье вполне нормативно, однако употребляется либо в поэтическом тексте (для которого важно количество слогов в строке), либо, напротив, для подчеркивания разговорного характера текста. Предложный падеж: в воображенье (в воображении).
Корректно: выплатить премию Дяде Александру.
Склоняемость/несклоняемость фамилий, пишущихся с буквой я на конце, зависит только от места ударения и происхождения фамилии.
Несклоняемы фамилии французского происхождения с ударением на конце: Золя, Труайя.
Все прочие фамилии на я склоняемы; таковы Головня, Зозуля, Сырокомля, Гамалея, Гойя, Шенгелая, Данелия, Берия.
Можно выбрать либо первый, либо второй вариант. Ваши доводы в пользу того и другого корректны. Что касается третьего варианта, то для постановки запятой и тире между частями сложносочиненного предложения нет оснований.
Следует либо поставить точку с запятой, либо разделить предложение на два: Она просачивалась через трещины; как только мальчик шевелился, она исчезала или Она просачивалась через трещины. Как только мальчик шевелился, она исчезала.
После того как - составной союз, соединяющий части сложноподчиненного предложения. Запятая ставится между предикативными частями предложения: либо перед союзом, либо перед словом "как". Решение о месте постановки знака препинания принимает автор текста.