Кодифицированное сокращение сочетания федеральный закон — ФЗ. В официальных документах наименования федеральных законов даются в громоздкой форме: Федеральный закон от 28.12.2013 № 400-ФЗ «О страховых пенсиях». При неоднократном упоминании закона может использоваться сокращенное сочетание Закон № 400-ФЗ. Для неофициальных текстов не существует устойчивых правил сокращения наименований нормативных правовых актов. В практике письма встречаются сокращенные обозначения типа ФЗ-400, ФЗ № 400, ФЗ «О страховых пенсиях», закон № 400-ФЗ. Следует принимать во внимание, что для идентификации федерального закона требуется его номер и год принятия, поскольку номера федеральных законов не являются уникальными и каждый год нумерация начинается заново.

В первом предложении уместно множественное число (На 1-м и 2-м этажах здания), во втором и третьем — единственное (от писем за подписью руководителей, заместителей руководителей ведомств; проходят и правовую, и антикоррупционную экспертизу).

Торговые центры — это организации. Условные названия различных организаций, предприятий, фирм, банков и т. п. заключаются в кавычки.

Правилами русской орфографии написание латиницей, как и средствами других графических систем, не предусмотрено. Обычно названия, набранные латиницей, пишут без кавычек. Однако справочники для издателей рекомендуют такие названия передавать средствами русской графики — транскрибировать или транслитерировать. Данные рекомендации отвечают интересам всех носителей русского языка: название, написанное русским алфавитом, доступно для чтения и произнесения любому человеку, знающему русскую грамоту, вне зависимости от того, каким иностранным языком и в какой мере он владеет. См., например: Розенталь Д. Э. Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» (М., 1999, § 74); Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. «Справочник издателя и автора» (М., 2014, § 3.25.6–3.25.7).

Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?

Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).

Корректно: 1) Часть 2 статьи 35 ВК РФ гласит: «1. Поддержание поверхностных и подземных вод в состоянии, соответствующем требованиям законодательства, обеспечивается путем установления и соблюдения нормативов допустимого воздействия на водные объекты». 2) Пункты 8.2.5 и 8.2.21 СП 32.13330.2018 устанавливают следующее: «8.2.5. К каждому насосу следует предусматривать самостоятельный всасывающий трубопровод. Размеры приемного резервуара и размещение всасывающих трубопроводов следует принимать в соответствии с СП 31.13330»; «8.2.21. Диаметр всасывающего трубопровода следует предусматривать больше диаметра всасывающего патрубка насоса».

Лучше разбить второе предложение на два. Например, так: Рассмотрена  принципиальная  возможность  сепарации  бедных  шеелитовых  руд в крупности -50+6 мм с использованием рентгеноабсорбционного метода на оборудовании TOMRA Sorting. В результате исследований установлено, что предварительная сепарация позволяет в 4-5 раз повысить содержание WO3 в питании последующего флотационного передела и выделить до 84% от машинных классов крупности – отвальные по содержанию WO3 хвосты сепарации. В конечном итоге это позволит предприятию снизить капитальные и эксплуатационные затраты при сохранении высоких технологических и экономических показателей.

Это действующее правило. По сути то, что в справочнике названо "словами автора", является в этом примере самостоятельным предложением, никак не связанным с прямой речью.

Поскольку мы не видим текста целиком, то можем сказать только следующее. В предложении У самой вершины старой ели, в густых ветвях, свили гнездо тетеревятники-ястребы говорится о птицах (они названы здесь словами тетеревятники-ястребы). В предложении Много лесных тайн, сказочных чудес видят они с высокой тёмной высоты также говорится о птицах: местоимение они служит средством связи между этим предложением и предыдущим и заменяет собою наименование тетеревятники-ястребы.  

Корректен первый вариант (без буквенного наращения).