Конечная позиция оборота с союзом как говорит о том, что он является смысловым центром предложения и имеет значение «в качестве»: И. И. Иванов исключен из списков личного состава сотрудников как погибший при выполнении спецзадания. При другом порядке слов на первый план выходит значение причины: И. И. Иванов, как погибший при выполнении спецзадания, исключен из списков личного состава сотрудников.

Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

В этом предложении деепричастие обозначает дополнительное действие и не несет в себе значение обстоятельства образа действия, в отличие от примеров типа Жили Артамоновы ни с кем не знакомясь или Старик шёл прихрамывая на правую ногу (см. примечание к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя), что говорит о необходимости постановки запятой: ...никогда не выеду за ворота автопарка, не помолившись.

Морфемный статус показателя инфинитива -ти или -ть определяется в русистике по-разному. Широко распространена трактовка этой части слова как формообразующего суффикса. В то же время и в школьной, и в научной литературе нередки случаи определения -ти (-ть) как окончания. В пользу первой точки зрения говорит то, что окончание в русской грамматической системе является словоизменительной морфемой, а инфинитив традиционно считается неизменяемой глагольной формой.

Строго говоря, так и есть. Но вопрос был о правописании, не об употреблении (ведь запретить употреблять то или иное выражение невозможно!).

Вообще говоря, правилами правописания этот вопрос не регулируется. Если слова не входят в состав предложения (перечня), то уместным будет написание строчными буквами.

Собственно говоря, приведенная Вами цитата и есть соответствующий отрывок (с незначительными изменениями, связанными с особенностями рубрикации справочника). У нас издание 2003 года.

Вообще говоря, приведенные Вами примеры различаются значением. Частично названное Вами явление объясняется семантической диффузией (в англоязычной лингвистике используется термин ambiguity) и синтаксическим параллелизмом.