Правилен первый вариант. После числительных два, три, четыре, а также составных числительных, заканчивающихся на два, три, четыре (например: 22, 73, 294), существительное ставится в форму род. падежа ед. числа. 

Если нет необходимости подчеркнуть, что исполнителей было много, то нужно выбрать форму ед. числа, например: 39 проектов подготовлены к защите в пяти институтах и 39 проектов подготовлено к защите.

Возможны оба варианта. Выбор формы множественного числа объясняется логически, а форму единственного числа используют для указания на общность объектов (в этом случае часто в предложении употребляются и обобщающие слова).

Правильно: Организации, которые непосредственно заинтересованы в этих технологиях, – вузы и университеты – не слишком торопятся это делать. Обратите внимание: в предложении повторяется местоимение это, форму этих лучше  заменить на данных.

Нет, рога не существительное pluralia tantum. Когда говорят об оленьих рогах, употребляют форму мн. ч., потому что у оленя их два. То же относится к бычьим рогам и проч.

Поскольку отрицание относится к вспомогательному (модальному) глаголу, а не к инфинитиву, от которого зависит существительное, это существительное ставится в форму винительного падежа: Он не успел установить контакт с (кем-то).

Сказуемое при словах тысяча, миллион, миллиард обычно принимает форму подлежащего (единственное число, женский или мужской род): тысяча школьников написала сочинение. Слово «обычно» здесь употребляется не случайно: это не жесткое правило.

Слова вроде фарш употребляются во множественном числе нечасто, в основном в профессиональной речи. В обычных текстах для широкой аудитории рекомендуется использовать форму единственного числа:  ...в фарше «Говяжий» (Самара) и «Свиной».

Правильно употребить форму единственного числа (по смыслу сочетания ясно, что определение относится не только к ближайшему, но и к последующему сочетанию). В прозвище все слова пишутся с прописной: Черная Пантера.