Очень интересный вопрос. Дело в том, что сочетание серый бочок можно трактовать как часть имени персонажа (ср.: Мороз Красный Нос). В этом случае буквы должны быть заглавные. Но возможно и иное понимание оборота – как нарицательного имени, сопровождающего собственное имя персонажа (ср.: Мороз-воевода, Иван-царевич, Мышка-норушка). При таком осмыслении конструкции заглавные буквы не нужны: Волчок – серый бочок.

Если говорить о пунктуации, возможны два варианта: Никаких кулаков в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было и Никаких кулаков, в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было. Второй вариант следует выбрать, если слова в том понимании, какое описывалось в литературе имеют характер попутного замечания, дополнительных сведений.

Но плохо: «понимание... описывалось в литературе». Попробуйте перестроить фразу.

Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.

Указание на то, что букву ё необходимо писать в случаях, "когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова", можно трактовать двояко: 1) букву ё необходимо писать во всех случаях употребления местоимения всё в отличие от все; 2) букву ё необходимо писать лишь в тех случаях, когда значение слова может быть непонятно из контекста. Разные лингвисты могут придерживаться одной из этих трактовок. 

Аббревиатурные названия коммерческих организаций, выступающие в сочетании с родовым словом, заключаются в кавычки: ОАО «МТТ», ОАО «РЖД», ОАО «МТС».

Что касается аббревиатурных названий коммерческих организаций, употребляемых без родового слова (МТТ, МТС, РЖД), то в современной письменной речи они ведут себя крайне непоследовательно: в ряде случаев заключаются в кавычки, в ряде случаев пишутся без кавычек. Однако следует признать, что такие названия предпочтительно заключать в кавычки, поскольку это облегчает понимание текста читателем.

Согласовать в значении "дать согласие" - канцеляризм. Такое значение (и употребление) не фиксируется словарями русского языка, но при этом слово согласовать в этом значении активно употребляется в канцелярской (деловой) речи (согласовываем = соглашаемся).

При этом оборот "согласовано с (кем-либо)" со значением "согласие такого-то получено" корректен.  

Рекомендация орфографической комиссии РАН – писать сочетание «оранжевая революция» со строчной, в кавычках.

Буква ё пишется в следующих случаях:

1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; вёдро в отличие от ведро; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное).

2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма.

3. В cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения.

В слове понять корень с чередованием я/им, ср.: понятый, понятный, понимать, понимание. Исторически по- является приставкой, при более этимологичном подходе к морфемному членению ее выделяют и сегодня, сопоставляя слова понять, понимать и унять, унимать, внять, внимать.

Для корней с чередованием а(я)/им/ем и а(я)/ин в орфографии есть правило. Его можно прочитать, например, в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно найти множество слов с той же орфограммой.