Корректно: здравствуйте все или всем здравствуйте.

Когда тебе удобно — придаточное времени. Это отдельная часть сложного предложения, поскольку в ней есть грамматическая основа, которая состоит из слова категории состояния удобно и нулевой связки. В приведенном предложении придаточная часть находится в отношениях уточнения с обстоятельством в этом случае. Обратите внимание, что частица ну не требует отделения запятой.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Корректно: операторы "большой тройки".

Официальное название страны в именительном падеже – Королевство Нидерландов. Правильно: в Королевстве Нидерландов.

Спасибо, сообщим составителям словаря и поправим.

Правильно: анафАлис.

Сочетание краеведческий музей пишется строчными. С прописной буквы пишется первое слово официального названия, напр.: Алтайский государственный краеведческий музей.

Вы хотите спросить, какими правилами пользоваться, чтобы написать эти слова верно? Воспользуйтесь любым справочником по правописанию.