Нужна запятая и прописная буква: "Операция Ы, или Новые приключения Шурика".
Вот подробная словарная рекомендация:
уголь, угля, углём; мн.угли, углей (вещество, используемое как топливо); состав с углём; топить углём
уголь, угля, углём; мн.угли, углей, углями, (на) углях и (устар.разг.) уголья, угольев (кусок пережжённого дерева);обжечься углём из костра; быть, сидеть как на угольях (на углях)
уголь, угля, углём; мн. угли,углей, углями (материал для рисования); портрет нарисован углём
Дополнительные знаки препинания не требуются.
Не склоняется. Рекомендации см. в Письмовнике.
Запятая не нужна.
Запятая не нужна.
Да, предпочтительно поставить знак ударения.
В конце заголовку точку ставить не нужно, достаточно точки между предложениями.
Точка не нужна.
Одесский винный завод – реальное собственное имя. Такие наименования не заключаются в кавычки при самостоятельном употреблении, но пишутся в кавычках при употреблении с родовым словом: государственное предприятие «Одесский винный завод». Подробнее см. в «Письмовнике»: Как правильно употреблять кавычки (часть вторая)