Обособленное определение ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: в лице главы администрации Ивановой Марии Ивановны, действующей на основании устава.
Слово поднялся по составу: под-ня-л-Ø-ся (приставка под-, корень -ня-, формообразующий суффикс прошедшего времени -л-, нулевое окончание мужского рода единственного числа, постфикс -ся).
Например: купить хлеба, принесли яблок, наготовим котлет. У многих существительных мужского рода в таком случае может использоваться форма с окончанием -у вместо стандартного -а.
В тех случаях, когда четко указывается женский пол детеныша (как здесь - с помощью имени Настя), следует ставить определения в форму женского рода: дрессированная, обученная.
Это слово пока не фиксируется словарями. Обычно оно употребляется как составное существительное женского рода: вышка-тура. Предложенное Вами написание Строительные леса и вышки-туры со склада корректно.
Слово гуанако может употребляться и как слово мужского, и как слово женского рода. Если нужно подчеркнуть, что речь идет о самке, то правильно: шоколадная гуанако.
Местоимение который в предложении формально "замещает" имя Марья Ивановна (голос Марьи Ивановны), поэтому стоит в соответствующей форме женского рода родительного падежа. Окончание этой формы: -ой.
В официальных документах, как правило, употребляются формы мужского рода. В остальных случаях возможны оба варианта.
Слово мир пишется с маленькой буквы: чемпион мира, чемпионка мира.
Обычно местоимение его относится к ближайшему существительному мужского рода в форме единственного числа. Но все же здесь возможно двоякое толкование, и предложение лучше построить иначе.
Существительное женского рода от завсегдатай не образуется, но это слово вполне может быть использовано по отношению к лицу женского пола, например: Маша – завсегдатай ночных клубов.