Воспользуйтесь окном «Искать на Грамоте» (толково-словообразовательный словарь).
Название Шпре (Шпрее) не склоняется. Склоняются простые иноязычные названия рек, если эти топонимы не оканчиваются на гласные -у, -о, -е, -и, -ы.
С точки зрения русского языка глагол течь многозначен, поэтому нет ничего странного в таких его значениях, как "перемещать, нести свои воды (о реке, ручье и т. п.)" и "перемещаться по специально оборудованным коммуникациям (о жидкостях, паре, газе и т. д.). Слышно, как вода течёт по трубам. Газ течёт по трубопроводу. Электричество течёт по проводам". Кстати, существительное ток также образвано от глагола течь.
Корректно: на Неве, на реке Неве.
Второй вариант предпочтителен.
В предложении Руки как ветви сравнительный оборот является сказуемым, а потому не обособляется. См. параграф 90 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Оба варианта правильные.