Второй вариант лучше.
Это описательный оборот, который может быть употреблен в значении собственного имени как официальное название организации. Если в тексте важно подчеркнуть, что это официальное название, то его первое слово нужно написать с прописной буквы.
Как правило, одно из таких слов используется.
Предложение содержит грамматическую ошибку, поэтому его нужно перестроить. Причастный оборот (находящихся на особом контроле Главка) и придаточное преложение (которому Министерством уделено особое внимание) не могут выступать как однородные компоненты и соединяться союзом и.
Нужно поставить запятую.
Запятые нужны: Все договоренности, как устные, так и письменные, должны учитывать интересы обоих партнеров.
Такое употребление некорректно.
Правильно раздельное написание.
Возможно: контроль за выполнением, контроль выполнения.
Устойчивое канцелярское сочетание: взять на контроль.