Это запятые между элементами перечислительных рядов. Они поставлены корректно не только по интонационному, но и по структурному (грамматическому, синтаксическому) принципу — основному принципу русской пунктуации.

Вводного слова нет. Это сложноподчиненное предложение, главная часть — видно. От нее задаем вопрос к придаточным: Видно (что?), как зажглась вечерняя заря, как потом она угасла. Придаточные присоединяются с помощью союзов как. Сравните с предложением, содержащим вводное слово видно: 

Посмотри, как торопится птица,
Видно, время и мне торопиться,
Видно, время и мне подошло
Распрямить для полета крыло.

                                И. В. Елагин

Верно: Танина рука, Катина сумка, антоновская хитрость.

Имена прилагательные, образованные от личных имен, фамилий, кличек при помощи суффиксов -ов (-ев) или -ин и обозначающие индивидуальную принадлежность, пишутся с прописной буквы, напр.: Рафаэлева Мадонна, Шекспировы трагедии, Гегелева «Логика», Далев словарь, Иваново детство, Танина книга, Муркины котята.

Имена прилагательные, образованные от личных имен и фамилий при помощи суффиксов -ск-, -овск- (-евск-), -инск-, пишутся со строчной буквы, напр.: далевский словарь, дарвиновское учение, бетховенская соната, шекспировские трагедии, пришвинская проза, пушкинская гармония, суворовские традиции.

Подробнее читайте в справочнике Д. Э. Розенталя или справочнике под ред. В. В. Лопатина.

Мулла – слово мужского рода. Ошибка – из печатного издания словаря. Исправили, сообщили главному редактору словаря С. А. Кузнецову.

Помета «3. П.» означает, что слово поверка относится только к одному из омонимичных глаголов поверить, а именно данному под цифрой 3 (при описании омонимов для их различения в словаре используются условные цифры 1, 2, 3 и т. д.).

О некоторых терминах родства см. в «Непростых словах».

Здесь возможны варианты. В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» (Розенталь Д.  Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П.) указано: «Названия озер, заливов, проливов, каналов, бухт, островов, полуостровов, гор, горных хребтов, пустынь и т. п., как правило, не согласуются с родовыми наименованиями». Но с названиями-прилагательными ситуация немного иная. Справочник говорит: «Названия, имеющие форму полного прилагательного, обычно согласуются: у горы Магнитной, на озере Ладожском. Однако в этом случае наблюдаются колебания».

Таким образом, допустимо: на полуострове Среднем и на полуострове Средний. Географические названия в функции приложения чаще склоняются в художественной речи и остаются несклоняемыми в речи официальной, канцелярской. Окончательное решение — за автором текста.

Справочник Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» приводит такие рекомендации:

Правильно: руководитель чего (в знач. 'лицо, стоящее во главе чего-либо'): руководитель отдела, руководитель делегации и руководитель чем / чего (в знач. 'лицо, направляющее чьи-либо действия, работу'): руководитель полетом и полета космического корабля.

Правильно: руководство чем (в знач. 'направляющая деятельность управления кем-чем-либо'): руководство педагогической практикой студентов и руководство чего (в знач. 'руководители'): руководство театра.

Таким образом, верно: руководство детским чтением, руководители детским чтением и руководители детского чтения.

В слове недолив одна приставка —  недо- (недолив ← недолить ← лить). В глаголах эта приставка обозначает 'действие, названное производящим глаголом, которое не доведено до необходимой нормы'.  Ср.: брать → недобрать → недобор; грузить →  недогрузить → недогруз и т. п. В производных отглагольных существительных, которые совмещают значение процесса, названного производящим глаголом, со значением существительного как части речи, значение глагольной приставки недо- сохраняется. 

Некорректность выделения двух приставок (не- и до-) связана:

1) с значением приставки недо-, которое отличается от значения приставки до- с предшествующим отрицанием;

2) с отсутствием в литературном языке слов *добор, *догруз и т. п. (слово долив, хотя оно и встречается в разговорной речи, в словарях не зафиксировано).

Вы приводите сведения о производных словах (не о значениях слов!). Как правило, помета "перен." ставится в тех случаях, когда семантическая связь между базовым и производным значениями  неочевидна (так, эта связь неочевидна между значениями 1 и 5 приведенного Вами примера). При таком понимании термина "переносное значение" (отсутствие семантически близкой, тесной связи между значениями базовым и производным) Ваше рассуждение верно. Однако возможно и другое прочтение: прямое значение - базовое, непроизводное; переносные значения - все, в которых присутствует (буквально!) метонимический или метафорический перенос (то есть все производные значения).

В светской литературе мы уверенно порекомендуем использовать форму противостои(те). Помимо указанных Вами источников, она зафиксирована в «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Н. А. Еськовой. Полагаем, что в религиозной литературе возможно употребление разных форм в зависимости от стиля и жанра текста. В высоком стиле будет уместна форма, выбранная для Синодального перевода Библии, а для текстов, стилистически ориентированных на современную светскую речь, лучше употреблять «светскую» форму.

На второй вопрос нужно ответить утвердительно. В толковых словарях помета кому-чему относится к слову в целом, а не к отдельным значениям, в НКРЯ примеров сочетаний противостоять + одушевленное существительное очень много.

Спасибо за интересные вопросы и материалы для размышления! 

Слово богорадничать не зафиксировано в толковых и этимологических словарях русского языка.

Синонимический ряд богорадить, богарадствовать (тамб.), богоугодствовать, богарадничать, проживать Христа ради включен В. И. Далем в «Толковый словарь живого великорусского языка». Региональная диалектная помета (тамб.) есть только у слова богарадствовать, поэтому мы не располагаем сведениями о региональной принадлежности этих слов. Отсутствие лексикографической системности и последовательности при сборе и подаче материала является отличительной чертой словаря Даля, созданного языковедом-любителем.

Поэтому предложить полностью корректное описание способа образования слова богарадничать не представляется возможным. Можно предположить, что это слово, если оно действительно употреблялось в каких-либо регионах, образовано на основе сращения в сочетании с суффиксацией, ср.: христарад-нича-ть.