В этом предложении определение первый относится к сочетанию второго определения (причастного оборота) с существительным, запятая не нужна: Передо мной возник айсберг — первый увиденный за всё время нашего путешествия.

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Чтобы научиться различать второстепенные члены, нужно научиться находить слово, от которого зависит данный второстепенный член, и ставить от этого слова смысловой вопрос к второстепенному члену. Полезно предварительно твердо выучить, на какие вопросы могут отвечать определения, дополнения и обстоятельства.

В приведенном примере сквозь камень зависит от сказуемого: сочилась (как?) сквозь камень. На вопрос как? может отвечать только обстоятельство.

Предлог всегда входит в состав члена предложения, потому что предлог всегда образует с именем существительным (или местоимением) единую предложно-падежную форму.

Верен второй вариант разбора. Но только в том случае, когда исходным вариантом предложения (с нейтральным порядком слов и нейтральной интонацией) является Радость была большая. Если же в левом контексте говорится о каком-то положительно оцениваемом событии и подразумевается, что именно это событие и было большой радостью (К нам на каникулы приезжал брат. [Это] большая была радость!), то верен третий вариант разбора.

Следует использовать парный знак, например скобки: Определение сторон договора (продавца и покупателя по договору о предоставлении мощности) и количества договоров.