Запятая нужна.
Вставное предложение нужно заключить в скобки; сказуемое согласуется с подлежащим акционерное общество: Акционерное общество «Ромашка» (далее — Проектировщик) готово выполнить работу...
Да, корректно с запятой перед словом лотос: Символ молодости и красоты, лотос – живой свидетель многих геологических эпох.
Запятая не нужна, т. к. приложения директор и доктор наук неоднородные: директор – должность, доктор наук – ученая степень.
В соответствии с требованиями к оформлению научных работ такая конструкция может быть оформлена как со знаком препинания (двоеточием), так и без него.
В книжно-письменных стилях верно: Сам автор назвал книгу виртуальным музеем. Можно использовать форму женского рода, если она является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Сама автор назвала книгу виртуальным музеем.
Такая пунктуация возможна.
Запятая не требуется.
Такое слово словарями русского языка не фиксируется.
