Найти ответ на этот вопрос Вам поможет словарь И. Л. Городецкой, Е. А. Левашова «Русские названия жителей» (М., 2003).
Действительно, верно: Пермь – один из 12 российских городов... Числительное один образует словосочетание с существительным город.
См. раздел «Горячие вопросы».
Указанная запятая не требуется.
Да, склоняются. См. в «Письмовнике».
Правильно: более пятисот коробок.
Предпочтительно: в городке Найденбурге.
В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, в пособии Ю. А. Бельчикова «Практическая стилистика современного русского языка», а также в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской указано, что такие названия не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Старый Крым, из города Великий Устюг, в городе Старый Оскол, над городом Лодейное Поле. В то же время «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской указывает, что в топонимах, выраженных сочетаниями слов, части наименования должны склоняться: в городе Вышнем Волочке, однако в разговорной и профессиональной речи распространился и укоренился несклоняемый вариант: под городом Вышний Волочек, в поселении Долгий Мост.
Поэтому рекомендуем несклоняемый вариант: в городе Верхняя Пышма.
Употребление слова город (и сокращения г.) перед названием города – характерная черта канцелярской речи, поэтому в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой дана рекомендация употреблять сокращение г. (и полное слово город) ограниченно, преимущественно перед названиями городов, совпадающими с фамилиями людей, напр. г. Пушкин, г. Королев. Однако на практике эта рекомендация редко соблюдается, сокращение г. и полное слово город употребляют перед названиями всех городов.
Печора – Печоры, Печоре, Печору, Печорой, о Печоре.
Печоры – Печор, Печорам, Печоры, Печорами, о Печорах.
Сослаться можно, например, на «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, но вообще склонение этих названий ничем не отличается от склонения нарицательных существительных (просклоняйте, например, слово контора), т. е. здесь действуют те же грамматические нормы.