Запятая ставится.
Нет, правильно писать со строчной буквы.
Запятая нужна. Названия должностей (т. е. приложения), стоящие после имени собственного, обособляются.
В большинстве случаев более уместным будет несокращенное написание.
Корректно: ...с наилучшими пожеланиями, коллектив ООО "Ромашка".
Думаем, что оба варианта нехороши. Лучше: генеральный директор принимает по личным вопросам тогда-то.
Правильное написание: генеральный директор.
Верно: работает в должности директора, работает директором, занимает должность директора.
Запятая ставится.
Запятая не нужна, т. к. приложения директор и доктор наук неоднородные: директор – должность, доктор наук – ученая степень.