Дело в том, что в фамилии Знарок есть беглый гласный о, а в фамилии Семак беглого гласного нет. Поэтому фамилия Семак всегда будет склоняться одинаково (Семака, Семаку), а фамилию Знарок (разумеется, речь идет только о мужских фамилиях) можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Знарка, Знарку) и без выпадения гласного (Знарока, Знароку). Но ввиду того, что фамилии выполняют юридическую функцию, всегда предпочтительно склонять их без выпадения гласного, т. е. в данном случае Знароку, Знароку.

Последняя буква выступает здесь как окончание - грамматический признак числа и падежа. В зависимости от требуемого грамматического значения нужно выбрать гласный звук и букву.

Есть. Не склоняются фамилии французского происхождения на ударное -а: Дюма, Гавальда. Не склоняются и фамилии, оканчивающиеся на -а, которому предшествует гласный.

Склонение фамилий, оканчивающихся на согласный, не зависит от их происхождения, а зависит только от пола носителя фамилии. Все женские фамилии на согласный не склоняются, все мужские – склоняются (единственное исключение – фамилии на -ых, -их типа Черных, Долгих). Происхождение фамилии имеет значение, если она оканчивается на гласный: так, французская фамилия Дюма не склоняется, а славянская фамилия Вода склоняется. Несклонение мужской фамилии Слынёк недопустимо, это нарушение норм русского языка.

Определяя, как склонять (или не склонять) фамилию, мы должны руководствоваться ее написанием в именительном падеже. Правил написания фамилий не существует; фамилия пишется так, как она зафиксирована в паспорте носителя. Если в паспорте – Негара, значит, фамилию надо склонять. Если бы в паспорте было написано Негарэ, эта фамилия была бы несклоняемой.

Правило «женские фамилии не склоняются, а мужские склоняются» относится только к фамилиям, оканчивающимся на согласный (Анатолия Собчака, но Ксении Собчак). Склонение фамилий, оканчивающихся на гласный, не зависит от того, мужские они или женские.

Из фамилий, оканчивающихся на -а, которому предшествует согласный, не склоняются только фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге (Дюма, Деррида, Гавальда). Фамилия Негара склоняется (и мужская, и женская).

Сочетание звуков [иэ] на месте букв ие произносится не только в слове коэффициент (и в других словах на -ент, например пациент, ингредиент и др.), но и в словах диез (литературная норма именно д[иэ]з), спаниель, а также (по старшей литературной норме) в словах абитуриент, диета, сиеста.  Если мы откроем «Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Р. И. Аванесова (М., 2000 и более ранние издания), мы увидим там рекомендацию произносить абитур[иэ]нт, д[иэ]та, с[иэ]ста. Поэтому написание риелтор при произношении р[иэ]лтор не является каким-то единичным случаем, плохо понятным исключением или прихотью лингвистов; оно соответствует принципам русской орфографии (писать е после букв е и и, даже если произносится э).

В обоих именах ударение падает на последний гласный.

Гласными и согласными бывают звуки. Звук Ы - гласный.

Такая проверка неправильна по двум причинам. Написание букв на месте безударных гласных проверяется теми словами и формами, где в той же значимой части слова (в том же корне, приставке, суффиксе, окончании) проверяемый гласный находится под ударением. В слове чистить, во-первых, представлен совсем другой суффикс, во-вторых, он безударный. Чтобы правильно писать слова чистенький, старенький, слабенький и т. п., надо просто запомнить, что в современном литературном языке суффикса -иньк- нет, есть суффиксы -еньк- и -оньк-.