Мы предполагаем, что Вы имели в виду случай вроде река Енисей, когда название реки мужского рода. Выбор местоимения зависит от того, с родовым словом употребляется название реки или без него. С родовым словом верно: Мы вышли на реку Енисей. На ее берегах... Без родового слова верно: Мы вышли на Енисей. На его берегах...

Если речь идет о поезде, для написания с большой буквы в кавычках нет оснований: купите билеты на аэроэкспресс (ср.: купите билеты на трамвай). Но: «Аэроэкспресс» (как название компании): купите билеты на поезд компании «Аэроэкспресс».

Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.

Официальное название заповедника – Столбы. Слово красноярские не является частью наименования, поэтому пишется строчными: красноярские Столбы.

Это склоняемое слово, правильно: из Кот-д’Ора.

Название можно написать латиницей (без кавычек) и кириллицей (в кавычках).

Сочетание будет построено некорректно в обоих случаях, вне зависимости от того, будете ли Вы склонять название станции. Возможные варианты: купить квартиру у метро "Бибирево", рядом с метро "Бибирево".

В таком случае следует предпочесть согласование по женскому роду.

Если нет родового слова, то следует склонять вторую часть названия: в "Спорт-Экспрессе". При наличии родового слова название не склоняется: в газете "Спорт-Экспресс".

Слово солнце пишется с большой буквы только в астрономическом контексте - как название центра Солнечной системы: Вращение Земли вокруг Солнца. Затмение Солнца. В остальных случаях используется строчная буква: На с. смотреть. С. катится, стоит, висит. До солнца вставать.