При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, принимает форму родительного падежа множественного числа: два горячих кофе.

Обе формы верны. Лисы – форма именительного падежа  мн. числа слова лиса, лисицы – форма именительного падежа мн. числа слова лисица.

Не вполне ясно, что Вас удивляет. Географические названия, выраженные прилагательными, согласуются с существительными, т. е. принимают форму того же рода, числа, падежа: станица (женский род) Прохладная, станция (женский род) Прохладная, но город (мужской род) Прохладный; улица (женский род) Коломенская, станция (женский род) «Коломенская», но проезд (мужской род) Коломенский. Что касается музея-заповедника, то его название Коломенское объясняется, тем, что когда-то на его месте было село (средний род) Коломенское.

Слово правитель управляет родительным падежом: правитель государства, правитель мира. Вероятно, Вас смущает, что глагол править требует творительного падежа: править государством, править миром. Но это вовсе не означает, что такое же управление должно быть и у существительного, образованного от этого глагола.

Слитное написание неясно корректно. Запятая поставлена правильно (только она не выделяет слово неясно, а разделяет части сложного предложения). Обратите внимание на грамматическую ошибку: вместо согласно какого НТД должно быть согласно какому НТД (предлог согласно управляет дательным падежом).

Такие конструкции нарушают литературную норму, т. к. существительные управляют разными падежами. Ориентироваться на последнее слово нельзя, фразу надо править. Возможный вариант: управление, распоряжение муниципальным имуществом и его использование.

Винительный падеж совпадает с именительным: (направить в) муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа».

Оба сочетания правильны: в шестидесятые годы и в шестидесятых годах. В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» указано, что при обозначении десятилетий посредством порядковых числительных чаще употребляется форма предложного падежа: в шестидесятых годах.

В творительном падеже возможны оба варианта: ею и ей. Но при этом в словарях вариант ею обычно указывается первым (т. е. он предпочтителен).

Это форма винительного падежа. Известно, что у одушевленных существительных во множественном числе винительный падеж совпадает с родительным. Рассматриваемые конструкции – единственное в русском языке отступление от последовательного выражения одушевленности: у слов – названий лиц в составе фразеологизированных конструкций типа идти в солдаты, взять (кого-либо) в курьеры, пойти в няньки, годиться в отцы винительный падеж совпадает с именительным.