Написание определяется принципом орфографии, который состоит в том, что морфема пишется единообразно: помощь, беспомощный — помощник, помощница, помощничек.
Запятая нужна. Она ставится между частями сложного предложения.
Если слово веган в предложении выступает как обращение, то правилен первый вариант (например: Мы пойдем в ресторан. А ты, веган?). Если веган — сказуемое (то есть вопрос задается, чтобы узнать, называет ли человек себя веганом), то правилен второй вариант.
Второй вариант значительно лучше.
В первом предложении после прямой речи ставится запятая, так как она была необходима в месте разрыва вводящих слов автора, ср.: Тысячи людей говорят, подойдя к очереди за газетами...
Во втором предложении после прямой речи должно стоять тире, так как на месте разрыва вводящих слов автора какой-либо знак не нужен, ср.: Если на вопрос вы ответите...
В цитате пунктуация источника, вероятно, была сохранена.
Ваши сомнения оправданны. На первый взгляд может показаться, что недочитать и не дочитать означают одно и то же и достаточно одного раздельного написания. Однако есть контексты, которые подтверждают правильность фиксации в словаре слова недочитать, позволяют почувствовать специфические оттенки значения, отличающие недочитать от не дочитать.
Если не прочитать это произведение, многое в поэзии Дорожкиной можно недочитать, недочувствовать, недопонять, а самого автора недолюбить.
И эту жизнь надо прожить достойно, потому что обещали тем, кто недомечтал, недочитал, недоучил, не дожил.
Возможно, потому, что им самим в детстве недочитали сказок родители.
Поэтому лучше перечитать, чем недочитать.
В этих предложениях нет значения прерванного, не доведенного до конца процесса чтения (ср. с не дожить из примера выше), здесь недочитать имеет значение 'читать мало, недостаточно' и раздельное написание невозможно.
К сожалению, смысл предложения не вполне понятен. Почему в однородном ряду оказались слова страна и область? О какой области идет речь? К чему относится в частности? Предположим, что к обороту к инфекции COVID-19, тогда запятую нужно перенести: ...проводится изучение популяционного иммунитета страны, в частности к инфекции COVID-19. Если речь и дет о проекте, который стартовал недавно, то логичнее в придаточной части поставить глагол в форму будущего времени (Был дан старт проекту, в рамках которого проведут изучение...) или отметить, что исследование началось (Был дан старт проекту, в рамках которого начато изучение...).
В приведенных Вами вопросах речь идет о похожих, но все же разных ситуациях.
1. Предложения со схемой А: «П?», где прямая речь — вопросительное предложение. Приведем примеры.
Смотрю вслед ему и думаю:«Зачем живут такие люди?»
Только один раз мы встречаемся с Лукьян Лукьянычем (я ещё его не знал тогда), он и говорит: «За кем вы здесь волочитесь?»
2. Предложение имеет ту же схему А: «П?», но прямая речь, представляющая собой вопросительное предложение, содержит название, заканчивающееся вопросительным знаком.
Он меня спросил: «Ты читал роман "Что делать?"»
Если бы название было включено в прямую речь — повествовательное предложение, то точка бы стояла.
Он сказал мне: «Я не читал роман "Что делать?"».
Запятая нужна. Она разделит однородные сказуемые была тихая и (была) безветренная.
Точка нужна.
